Mukeshimana sinh ngày 10 tháng 12 năm 1970 tại Quận Huye ngày nay.[1] Cô có bằng kỹ sư nông nghiệp của Đại học Quốc gia Rwanda và bằng thạc sĩ (2001) và bằng tiến sĩ (2013) về công nghệ sinh học của Đại học bang Michigan.[2][3] Luận án tiến sĩ của cô có tựa đề "Phân tích sự phức tạp di truyền của các cơ chế chịu hạn trong đậu thường (Phaseolus Vulgaris L.)" [4] Năm 2012, cô đã được trao giải thưởng sinh viên quốc tế về phát triển nông nghiệp và thực phẩm quốc tế (BIFAD) năm 2012 cho những đóng góp của cô cho chương trình nhân giống đậu của Rwanda.[4]